Se usaron dos banderas duranta la Guerra de Secesión. La primera es conocida como la bandera de " Barras y Estrellas " y perteneció a los Estados Confederados de América, (1861-1865).
	La segunda bandera corresponde al Pabellón Naval de la Confederación. Está compuesta por una Cruz de  San Andrés en azul sembrada de 13 estrellas, que representan a los Estados Confederados.

Guerra Civil y Reconstrucción: 1860-1876 Texas se separó de los Estados Unidos el 1 de febrero de 1861 y se unió a los Estados Confederados de América el 2 de marzo de ese mismo año. Texas era básicamente un "estado de  abastecimiento" para las fuerzas Confederadas hasta mediados de 1863, cuando la toma del río Misisipi por parte de la Unión hizo que grandes movimientos de hombres, caballos o ganado fueran imposibles. Los regimientos tejanos pelearon en cada disputa importante durante la Guerra. La última batalla de la Guerra Civil, la Batalla de Palmito Ranch, se llevó a cabo en Texas el 12 de mayo de 1865. Clampitt (2005) sugiere que los soldados Confederados del Ejército de Trans-Misisipi en Texas después del colapso de la Confederación en abril de 1865 eran indisciplinados. Debido a la baja moral, falta de disciplina, y un gran número de deserciones, los regimientos disueltos y desertores saquearon al gobierno y a la propiedad privada de regreso a sus hogares. Además, una escasez de participación en las campañas más largas de la guerra, un sentimiento de que su sacrificio había sido un desperdicio, y el hecho de que no se les había pagado en más de 16 meses hicieron que los antiguos soldados se sintieran con el derecho de tomar la propiedad del gobierno (no obstante, la mayoría de los soldados tejanos, siendo de un "estado abastecedor", se comportaron bien en los ejércitos tal como el Ejército de Virginia del Norte de Lee).  Reconstrucción Cuando las noticias acerca del colapso de la Confederación llegaron a Galveston, el 19 de junio de 1865, los esclavos liberados se regocijaron, creando la celebración del Juneteenth, también conocida como Día de la Libertad o Día de la Emancipación. El Estado había sufrido poco durante la Guerra pero el comercio y las finanzas estaban estancados. Los furiosos veteranos que regresaban se hicieron con la propiedad del Estado y Texas atravesó un periodo de extensiva violencia y desorden. La mayoría de estas atrocidades tuvieron lugar en el norte de Texas y fueron cometidas por forajidos que tenían sus cuarteles en el Territorio Indio y saqueaban y asesinaban sin distinción de bando. El presidente Andrew Johnson designó al General de la Unión A. J. Hamilton como gobernador provisional el 17 de junio de 1865. Hamilton había sido un político prominente antes de la guerra. Le otorgó la amnistía a los ex-Confederados si prometían apoyar a la Unión en el futuro, asignando a algunos ciertos cargos. El 30 de marzo de 1870, aunque no cumplía con todos los requisitos, el Congreso estadounidense readmitió a Texas en la Unión.

Fechas importantes 23 de febrero de 1861: En la elección a nivel estatal de la ordenanza de secesión, los tejanos votan por separarse de la Unión con 46.129 votos a favor y 14.697 en contra (una mayoría del 76%). La Convención de Secesión inmediatamente organizó un gobierno, reemplazando a Sam Houston cuando se negó a jurar lealtad a la Confederación. 1 de agosto de 1862: las tropas Confederadas matan a 34 tejanos-alemanes a favor de la Unión en la "Masacre de Nueces" . 19 de junio de 1865: las tropas de la Unión llegan a Galveston (Texas), poniendo en efecto la Proclamación de Emancipación, que abolió la esclavitud. 30 de marzo de 1870: El Congreso de los Estados Unidos readmite a Texas en la Unión

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Datos tomados de wikipedia